El Basconia se convirtió en segundo filial del club rojiblanco en junio de 1997 y desde entonces han pasado, primero por el campo de Basozelai y ahora por el de Artunduaga, todos los canteranos que posteriormente han ascendido hasta el Bilbao Athletic o el primer equipo bilbaíno. Fundado el 13 de marzo de 1913, el Basconia fue campeón de españa de aficionados en 1951 y por sus filas han pasado futbolistas como José Ángel Iribar, Fran Yeste, Carlos Gurpegui, Fernando Llorente, Markel Susaeta o Fernando Amorebieta y técnicos como Javier Clemente, Félix Sarriugarte o José Luis Mendilibar.