El equipo se mantuvo tres temporadas más en la élite y en 1998 descendió a Segunda tras caer en la promoción contra el Villarreal. Tras la pérdida de categoría, el club gallego entró en una situación convulsa debido a los malos resultados y a las dificultades económicas que lo condujeron a un nuevo descenso de categoría.
De esta situación, se recuperó y volvió a la Segunda División en la temporada 2002/2003, pero la crítica situación económica y el impago de deudas abocó a la entidad a una inestabilidad deportiva que finalizó con su disolución como Sociedad Anónima Deportiva. No obstante, el equipo continuó como entidad social y deportiva, militando en categorías regionales.
Pero al mismo tiempo que se iniciaba el proceso de liquidación de la SAD, se creaba en Santiago otro club con el nombre de Campus Stellae, equipo que posteriormente heredaría los derechos deportivos del club celeste.
El que fuera presidente en la época dorada de la entidad gallega, José María Caneda, adquiría en subasta pública el nombre SD
Compostela, y posteriormente pasaba a ocupar la presidencia del Campus Stellae. Esta operación permitió refundar el equipo sin deudas. En el aspecto meramente deportivo llegaba a alcanzar la Segunda División B.
El año 2009 volvió a ser un mal año. El club contrae nuevas deudas y acaba descendiendo nuevamente a Regional Preferente.
En 2011, una nueva directiva se hace cargo del equipo tras solventar las deudas y desde la campaña 2012/2013 milita en Segunda División B.