Núñez, nacido en Madrid el 15 de enero de 1979, actúa en la posición de extremo derecho y llegó al Real Madrid Castilla tras formarse en el CD Las Rozas. Además, ha pasado por el Liverpool, Celta de Vigo, Real Murcia, Apol. Limassol, SD Huesca y, en la temporada 2013/2014, se enroló en las filas del Deportivo de La Coruña.
Llegó a debutar en el Real Madrid en la temporada 2003/2004 de la mano de Carlos Queiroz, consiguiendo anotar un gol en El Madrigal el día de su estreno en Primera División. En su palmarés cuenta con una Supercopa de España (2003), una Copa de Chipre (2010) y una Liga de Campeones (2005).
Núñez intentará aportar su dilatada experiencia al equipo entrenado por José Luis Oltra. Es el primer fichaje del Recreativo 2014/2015 y su llegada se produce tras la marcha de Manuel Arana al RCD Mallorca.