Aunque parezca paradójico, al Valencia CF le puede venir bien la más que posible salida de Isco Alarcón del Real Madrid. Tanto él como su padre -y representante- comunicaron al club blanco su intención de marcharse en enero y aunque Zidane sigue aludiendo a que va a quedarse, el malagueño no las tiene todas consigo. En caso de salir, se pone en marcha el conocido como mecanismo de compensación de solidaridad, que básicamente supone la distribución del 5% del precio de cada traspaso a repartirse proporcionalmente entre todos los clubes que formaron al futbolista entre sus 12 y sus 23 años. En el caso de Isco se reparte entre el club de su pueblo, Atlético Benamiel (12-14), Valencia CF (14-19), Málaga (19-21) y Real Madrid.
Así, el Valencia CF es acreedor de entorno a un 2,3% de lo que genere su movimiento, debido a que se formó cinco años en Paterna. Por lo tanto, si Isco saliera del Real Madrid por el valor de mercado que marca Transfermarkt (20 millones de euros), la entidad valencianista percibiría cerca de medio millón.
Aunque Isco Alarcón se formó durante cinco años en la Academia del Valencia CF, su paso por el primer equipo fue fugaz. El ahora técnico del Villarreal CF, Unai Emery, no terminó de confiar en él y terminó marchándose al equipo de su tierra, el Málaga CF, a cambio de 6 millones de euros (cláusula de rescisión).
En la 2009/10 ya debutó en el primer equipo en pretemporada. Disputó 45 minutos ante el Al Ain que le servirían para anotar el único tanto del Valencia CF. No obstante, esa temporada jugó en el Valencia Mestalla.
En la siguiente campaña, su buena pretemporada le sirvió para ganarse algunos minutos durante el año. Su debut en partido oficial fue el 11 de noviembre de 2010 ante la Unión Deportiva Logroñés. Marcó dos goles en un partido que los valencianistas ganaron 4-1.
Fueron sus únicos dos tantos oficiales con la casaca valencianista, ya que soló jugó seis partidos más: cuatro de LaLiga Santander y dos de UEFA Champions League.