En este último club Jon Ander llegó incluso a la presidencia en la temporada 2006-07 ante la marcha de un grupo inversor malagueño con el que el Lucena había empezado la conversión en sociedad anónima que nunca concluyó. El exjugador tomó las riendas de la entidad cordobesa, primero como director general y después como presidente para lograr el ascenso en Noja. Tras el estreno en la categoría de bronce, Jon Ander López abandonó la presidencia en favor de Francisco Miguel Ramírez Aceituno.