El comienzo de esta nueva temporada de Gotham nos sitúa exactamente en el último punto de la primera, el joven Bruce Wayne acaba de descubrir que su padre guardaba un misterioso secreto, que no es otro que el de un extraño sótano. Pero no iba a tener tan fácil descubrir la batcueva esta cueva, y nosotros tampoco, dado que un sistema de seguridad impide su entrada. Rápidamente nos encontramos un mes en el futuro, dónde todo parece haber cambiado en la ciudad de Gotham.
Con un Bullock relevado de su cargo, Jim Gordon tendrá que afrontar sin su mentor su dura degradación a guarda de tráfico, para mas tarde ser despojado de su arma y su placa tras un nuevo incidente con un compañero. Y es que Gordon ya no era el chico bueno que solía ser, apuntando maneras al Gordon de los trucos sucios, y de "el fin siempre justifica los medios", no sin antes toparse con un Edward Nygma que casi ha perdido por completo su lucidez mental, y volver a amenazar por enésima vez al corrupto comisario Loeb.
Y si a los "chicos buenos" les persigue la mala suerte, todo lo contrario les ocurre a los villanos de Gotham. En Arkham Asylum pronto empezarán a forjarse fuertes amistades, como lo es la ex de Gordon, Barbara con el JokerJerome, que no tardará en darle varios consejos para conseguir sus propósitos dentro de la prisión. Aunque no tardarán en salir de ella, gracias al millonario y héroe local Theo Galavan, cuyo propósito es la de reunir a un equipo de peligrosos y brillantes maníacos, y llevar el caos a las calles de Gotham.
Fuera de Arkham, Oswald Cobblepot, a.k.a el Pingüino, se ha erigido capo tras la caída de Falcone, y un poderoso aliado para aquellos que lo han perdido todo. Y un peligroso amigo para aquellos que harían cualquier cosa para recuperar su vida. Medidas desesperadas requieren acciones desesperadas, y Gordon abandonará su casi inmaculado honor arrebatándole la vida a uno de los enemigos del Pingüino, y de este modo no solo recobrar su puesto como Detective del Cuerpo de Policía de Gotham, si no ademas derrocando de su puesto a su nemesis el Comisario Loeb. Un premio jugoso que no obstante ha tenido un precio muy alto.
Igual de desesperadas son las medidas que tomará el joven Bruce Wayne con tal de descubrir el secreto de su padre, poniendo en peligro la propia mansión y destruyendo la puerta de acceso con explosivos caseros. Dentro descubrirá que lo que su padre trataba de ocultar no era otra cosa que un mensaje para él mismo, y la petición de que abandone la búsqueda de la verdad, algo que el propio Thomas Wayne intentó, y de este modo no sufrir su mismo destino.
Gotham vuelve por todo lo alto, y con grandes cambios para todos los protagonistas cuya suerte está mas que escrita, y están destinados a llegar a ella.
