Por último, el Banco de Pokémon es un programa descargable para Nintendo 3DS que permite a los jugadores depositar a los Pokémon con los que compartieron aventuras en el pasado en cajas alojadas en internet. A partir de enero de 2017, será compatible con Pokémon Sol y Pokémon Luna, además de incorporar una nueva función basada en la Pokédex Nacional, que lee los datos guardados de cualquier título compatible que esté conectado al Banco de Pokémon y recopila información sobre los ya capturados.